Mustafa Kemal, Çanakkale Muharebelerinin eski şiddetini kaybettiği 1915 yılının son aylarında, son bir taarruzla düşmanı tutunduğu kıyılardan da sökerek onu tam mağlûp duruma düşürmek görüşünde idi. Ancak bu teklifi, Ordu Komutanı Liman von Sanders tarafından, düşmanın da kıyıdan yapacağı topçu ateşinin ağır zayiat verdirebileceği endişesiyle benimsenmedi. Artık bu cephede yapacak bir şey kalmamıştı. Mustafa Kemal,10 Aralık 1915'te "Anafartalar Grubu Komutanlığı"nı, Fevzi (Çakmak) Paşa'ya bırakarak izinli olarak Çanakkale den ayrıldı; İstanbul a döndü.

Mustafa Kemal, 27 Ocak 1916'da karargâhı Edirne'de bulunan Onaltıncı Kolordu Komutanlığına atandı. Kısa süre sonra bu Kolordu'nun aynı isimle Diyarbakır'da kurulması kararı üzerine yine Kolordu Komutanı olarak 11 Mart 1916'da Diyarbakır-Bitlis-Muş Cephesine tayin edildi. Mustafa Kemal, 26 Mart 1916'da Diyarbakır'a gelerek komutayı ele aldı.1 Nisan 1916 da Generalliğe yükseltildi. Diyarbakır'a gelişini takiben kısa bir hazırlıktan sonra 3 Ağustos 1916 sabahı emrindeki kuvvetleri Bitlis ve Muş yönünde taarruza geçirdi; Ruslarla iki tümenimiz arasında taarruz ve karşı taarruz şeklinde şiddetli çarpışmalar oldu. Nihayet 8 Ağustos 1916 sabahı Muş, aynı günün akşamı Bitlis kuvvetle rimiz tarafından düşman işgalinden kurtarıldı. Muş; ne yazık ki 25 Ağustos 1916'da tekrar Rusların eline düşmüştü. Mustafa Kemal Paşa, 2. Ordu Komutanlığı sırasında, 14 Mayıs 1917'de Muş'u ikinci defa Rus işgalinden kurtardı.

Mustafa Kemal Paşa, Aralık l9l6'da Ahmet İzzet Paşa'nın izinli olarak bir süre İstanbul'a gitmesi üzerine vekâleten 2. Ordu Kumandanlığına tayin edildi. Karargâhı Diyarbakır'da olan bu ordunun Kurmay Başkanı Albay İsmet (İnönü) Bey'di. Büyük Kumandanın, İnönü ile yakından tanışması, emir-komuta zinciri içinde çalışması bu tarihlere rastladı.

Mustafa Kemal Paşa,14 Şubat 1917'de Hicaz Kuvve-i Seferiyesi Komutanlığına atanması üzerine Şam'a giderek Sina Cephesini teftiş etti ise de 5 Mart 1917 tarihinde Diyarbakır'da 2. Ordu'ya vekâleten komutan atandı. Tekrar Oiyarbakır'a dönen Mustafa Kemal Paşa,16 Mart 1917'de asaleten 2. Ordu Komutanlığına getirildi. Fakat bu görevde de çok kalmayarak 5 Temmuz 1917 tarihinde Yıldırım Orduları Grubu Komutanlığına bağlı olarak Halep'te kurulması kararlaştırılan 7. Ordu'nun başına getirildi. Bu cephenin umumî idaresi Falkenhein adlı bir Alman generaline verilmişti. Mustafa Kemal Paşa,15 Ağustos 1917 günü Halep'e gelerek göreve başladı. Fakat bir süre sonra General Falkenhein ile aralannda askeri görüşler ve uygulanacak harekat bakımından anlaşmazlık çıktı; bu anlaşmazlık sonucu Mustafa Kemal Paşa,1917 Ekim başlarında istifa mecburiyetinde kaldı. Kendisine tekrar Diyarbakır'daki eski görevi teklif edildi ise de kabul etmeyerek İstanbul'a geldi. 7 Kasım 1917'de Genel Karargâh'ta görevlendirildi. Ancak kısa süre sonra Veliaht Vahdettin Efendi'nin maiyetinde Alman Umumî Karargâhını ve Alman Cephelerini ziyaret etmek üzere Almanya seyahatine iştirak etti.15 Aralık 1917 - 4 Ocak 1918 arasını kapsayan bu seyahat esnasında Mustafa Kemal, Alman askeri çevrelerinde incelemeler yaparak, Alman İmparatoru II. Wilhelm ve devrin tanınmış komutanlarıyla görüştü. Onlara -hoşlanmasalar da- I. Dünya Harbinin muhtemel sonuçlan hakkındaki görüşlerini açıkça ve belirgin şekilde anlatıyordu.

Mustafa Kemal Paşa, 20 gün süren Almanya seyahatinden İstanbul'a döndükten bir süre sonra böbrek rahatsızlığı nedeniyle Viyana ve Karlsbad'a giderek tedavi gördü. 13 Mayıs 1918 - 4 Ağustos 1918 arasını kapsayan bu seyahat dönüşü General Falkenhein'in yerine Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığına getirilmiş olan General Liman von Sanders'in emrindeki 7. Ordu'ya Ağustos 1918'de tekrar komutan oldu ve 15 Ağustos 1918 günü Halep'e geldi. Mustafa Kemal, bu cephede İngilizlere karşı başarılı müdafaa savaşları yaptı. Takviyeli İngiliz kuvvetleri karşısında, O'nun maharet ve dirayeti sayesinde, bu bölgedeki Türk Ordusu dağılmaktan kurtarılmiş; büyük bir düzen içinde Halep'e kadar çekilme başarısını göstermişti. Fakat I. Dünya Savaşı Almanya ve müttefikleri aleyhine gelişiyordu. 29 Eylül 1918 tarihinde Bulgaristan savaştan çekilmiş, 4 Ekim 1918 tarihinde de Almanya mütareke istemişti. İstanbul'da Talat Paşa Kabinesi istifa etmiş, yeni Kabineyi Ahmet İzzet Paşa kurmuştu. Bu gelişmeler karşısında Mustafa Kemal Paşa yetkili makamlara, askerî ve siyasî önerilerine devam etti ise de yine kabul ettiremedi. Nihayet 30 Ekim 1918 tarihinde de Osmanlı Devleti, itilâf devletleri ile Mondros Mütarekesi'ni imzalayarak l. Dünya Savaşından çekildi.

Mustafa Kemal Paşa, Mondros Mütarekesi'nin imza edildiği günün ertesi, 31 Ekim 1918 tarihinde Yıldırım Ordular Grubu Komutanlığına getirildi ise de artık yapacak birşey kalmamıştı. 7 Kasım 1918 tarihinde bu Grup Kumandanlığı'nın da Padişah iradesiyle kaldırılması üzerine Adana'dan hareketle 13 Kasım 1918 günü İstanbul'a geldi. Artık Türkiye, mütareke şartlarını yaşıyordu ve kendisi de Harbiye Nezareti emrine verilmiş bir Ordu Kumandanı idi.

Memleket ve milletin içinde bulunduğu şartlar ağır idi. Büyük bir savaş sonunda, mağlup bir devlet olarak 30 Ekim 1918'de "Mondros Mütarekesi" adı verilen şartları ağır bir anlaşma imzalanmış, bu anlaşma şartlarına dayanılarak memleketin birçok bölgesi galip devletlerce işgal edilmiş, ordumuz dağıtılmış, bütün silâh ve cephane galip devletlerin emrine verilmişti. Osmanlı memleketleri tamamen parçalandığı gibi, Türk'ün ana yurdu, Anadolu da galip devletler arasında taksime uğruyordu. İtalyanlar Antalya'ya çıkmıştı. İskenderun, Adana, Mersin, Antep, Maraş, Urfa işgal altında idi. Kars'ta İngilizler idareyi ele almıştı. Trakya işgal altında idi. Düşman donanması İstanbul sularında demirlemişti. Çanakkale ve İstanbul Boğazları tutulmuştu. İstanbul ve İstanbul Hükûmeti İtilâf Devletlerinin baskı ve kontrolü altında idi. Padişah ve hükümet, düşmanlara âlet olmuş, âciz ve şaşkın bir vaziyette sadece kendileri için emniyet ve kurtuluş yolu aramakta idiler. Anadolu'nun her şehrinde ecnebi subaylar dolaşıyor, İtilâf Devletleri temsilcisi sıfatıyla direktifler veriyorlardı. Yunanlılar da İzmir'i işgal hazırlıklarıyla meşguldu; bu yolda büyük çaba harcıyorlar, İtilâf Devletlerini iknaya çalışıyorlardı. Nihayet 15 Mayıs 1919'da bu gayelerine eriştiler.

Olayların bu şekilde gelişeceğini Mustafa Kemal, önceden sezinlemişti. Nitekim Mondros Mütarekesi'nden 5 gün sonra, 5 Kasım 1918'den itibaren Harbiye Nezaretinden Mondros Mütarekesi gereğince ordulara terhis emirleri gelmeğe başladı. Atatürk, aynı gün Adana'dan Sadrazam Ahmet İzzet Paşa'ya ilk ikaz telgrafını çekti: "Ciddî olarak arzederim ki gereken tedbirleri almadıkça orduyu terhis etmeyiniz! Şayet orduları terhis edecek ve İngilizlerin her dediğine boyun eğecek olursak düşman ihtiraslarının önüne geçmeğe imkân kalmayacaktır. Bu, Atatürk'te, her şey bitti zannedilen bir zamanda da kurtuluş ümidinin sönmediğini, pek çoklarının düştüğü yeis ve ümitsizliğe asla kendisini kaptırmadığını gösterir.